Pierwsze wzmianki na temat Białego Dunajca pojawiają się w 1564 r., kiedy to urzędnicy króla Zygmunta Augusta opisując ziemie Rzeczypospolitej wymienili nową osadę: "..Dunajecz Biały na owej rzece która z Tatrów wypada po stronie polskiej, zasiadło kmieci sześciu..". Akt założycielski (lokacyjny) wsi Biały Dunajec został wystawiony przez starostę królewskiego w wigilię św. Macieja Apostoła, w dniu 23 lutego 1579 roku. Pierwszym zasadźcą (sołtysem) weług prawa magdeburskiego staje się Jędrzej Pawlik. Były to bardzo niespokojne czasy. Wkrótce Jędrzej Pawlik zostaje żołnierzem piechoty wybranieckiej u króla Stefana Batorego. Za męstwo okazane w bitwie z Rosjanami o Psków i Wielkie Łuki w 1580 r. Jędrzejowi nadano szlachectwo i urzędowo nakazano nosić nazwisko Pawlikowski.

Ród Pawlikowskich swoimi czynami już wkrótce udowodnił, że w pełni zasługuje na przyznane nadania królewskie. Syn Jędrzeja, Michał Pawlikowski wsławił się odwagą w bitwach z Turkami pod Cecorą (1619) i Chocimiem (1620). Syn Michała, Adam Pawlikowski walczył pod wodzą hetmana wielkiego koronnego Stanisława Lubomirskiego w wyprawie wołoskiej przeciwko wojskom tureckim, gdzie w boju okazał "wielkie męstwo i czyn wojenny", za co został przed królem pochwalony i wyróżniony. Pawlikowscy uzyskali dziedziczny tytuł sołtysa Białego Dunajca. Od nich to najstarsza część Białego Dunajca nosi dzisiaj nazwę "Sołtystwo". Do czynności sołtysa należało: prawo dalszego osadzania wsi, sprawowanie zwierzchnictwa nad resztą osadników, prawo sądzenia we wsi, pobieranie danin, monopol na posiadanie młyna "z jednym kołem mącznym", prawo do postawienia karczmy ("propinacyja") dla wolnego pędzenia i wyszynku piwa, prawo do nieograniczonego polowania na zwierza i łowienia ryb w Białym Dunajcu, prawo wypasu bydła i owiec w Tatrach, posiadanie tartaku, wycinanie drzew dworskich i pobór kamienia z potoków.

W XVII stuleciu wieś rozwijała się dynamicznie sięgając swoim terytorium wierzchołków Tatr, do Białego Dunajca należały wówczas jako przysiółki sąsiednie osady: Poronin, Stasikówka, Murzasichle i Małe Ciche. W 1692 r. Biały Dunajec był niekwestionowanym hegemonem na Podhalu jeśli chodzi o hodowlę owiec; naliczono ich wówczas 2000 sztuk. To pasterstwo i towarzyszące mu rolnictwo było przez długie stulecia podstawowym źródłem utrzymania białodunajczan. W 1769 roku na trzy lata przed oficjalnym pierwszym rozbiorem wojska cesarzowej austriackiej Marii Teresy wtargnęły na Podhale i do Białego Dunajca włączając je do Korony Świętego Stefana. Podhale trafia pod panowanie Austrii i włączone zostaje do dworskich dóbr kameralnych stanowiących własność dworu cesarskiego. Oprócz dawnych ciężarów chłopskich doszedł jeszcze obowiązek służby w wojsku austriackim trwający 12 lat. Rozwój wsi w tym czasie zostaje zahamowany właśnie na skutek ucieczki młodych za granicę z powodu długoletniej służby wojskowej.

W wyniku deficytu w budżecie centralnym rząd cesarza Franciszka II Habsburga rozpoczyna wyprzedaż mienia państwowego i dworskiego. W 1809 roku Biały Dunajec zostaje sprzedany na licytacji i trafia za cenę 11.850 zł. reńskich w ręce magnackiej rodziny Uznańskich. Tomasz i Honorata Uznańscy zamieszkali we dworze w Szaflarach, gdzie też przyjmowali wszelkie świadczenia i powinności ze strony chłopstwa. Wieś Biały Dunajec podlegała od czasu swojego powstania pod parafię Szaflary.

W roku 1830 nowopowstała parafia Poronin przejmuje pod swoją jurysdykcję około 30 % wsi (obecny Biały Dunajec Górny). Dekretem z dnia 17 kwietnia 1846 roku cesarz Ferdynand I Dobrotliwy znosi ciężary włościan. Ustawą Sejmu Krajowego z 1865 roku utworzono samorząd gminny. Kadencja wójta i rady trwała wówczas 5 lat. Biały Dunajec miał prawo wyboru 18 radnych. W 1884 roku powstaje pierwsza, drewniana szkoła podstawowa w Białym Dunajcu im. Kazimierza Wielkiego, a w 1889 wybudowano drugą szkołę, murowaną im. Królowej Jadwigi. W 1902 została założona Ochotnicza Straż Pożarna. W 1919 wybudowano fabrykę tektury korzystającą z energii z turbin wodnych napędzanych siłami potoku Biały Dunajec. W 1938 roku została erygowana samodzielna parafia w Białym Dunajcu, co oznaczało odłączenie się od dotychczasowej parafii Szaflary. W latach drugiej wojny światowej również Biały Dunajec poniósł swoje ofiary. Na frontach wojennych i w obozach zagłady zginęło kilkudziesięciu Białodunajczan.

Po zakończeniu wojny następował dalszy rozwój wsi. W latach pięćdziesiątych została dokonana elektryfikacja. W latach sześćdziesiątych wybudowano m.in. dom nauczyciela i ośrodek zdrowia. W roku 1964 założono urząd pocztowy a od roku 1973 Biały Dunajec jest siedzibą filii banku spółdzielczego. W latach dziewięćdziesiątych wieś została skanalizowana i przeprowadzono powszechną telefonizację. W chwili obecnej wieś Biały Dunajec zamieszkuje ok. 5 tys. mieszkańców. Składa się z nastepujących ulic : Jana Pawła II, Krajowe, Gliczarowska, Za Torem, Kościuszki, Witosa, Miłośników Podhala, Gen.Galicy, Piłsudskiego, Batorego i Skupniowa.

Notka o Białym Dunajcu w Słowniku geograficznym Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich – wielkim słowniku encyklopedycznym wydanym w latach 1880–1902 w Warszawie, stanowiącym niezwykle cenne źródło ówczesnych wiadomości geograficznych, historycznych,gospodarczych i demograficznych.